冷凍離心機清潔問題一直是廣大用戶頭疼的問題，因為清潔關系關系到產品的維護，良好的清潔更是有效維護和延長機器使用壽命的主要原因，主電源指示燈不亮時，檢查指示燈保險絲及室內配電板保險絲是否熔斷，同時檢查電源線是否接觸良好，如保險絲斷則應更換保險絲并保持電路暢通。、還應檢查真空泵表及油壓指示值，如油壓過高而主機也不能啟動，必須檢查各油路是否堵塞，特別是節流小孔是否暢通，如不暢通應清洗使之暢通。軸承損壞或轉動受阻，軸承內缺油或軸承內有污垢較多而引起摩擦阻力增大，電機達不到額定轉速，應及時清洗或更換軸承。
　　冷凍離心機較長時間不使用或者維修時應將主電源插頭取下。否則儀器會帶電，特別是維修時易發生安全事故。冷凍離心機為了保護制冷壓縮機，儀器斷與通電間隔時間必須大于3分鐘，否則損傷壓縮機。轉子不用時應從離心腔內取出，及時用中性洗滌液清潔擦干，防止化學腐蝕，存放在干燥通風處。不允許用非中性清潔劑擦洗轉子，不允許用電熱風吹（烘）干轉子。冷凍離心機轉子中心孔內應涂少許潤滑脂保護。冷凍離心機轉子使用時一定要確認設置的轉子號正確無誤。若轉子號設置錯誤。會造成轉子超速使用或達不到所需的離心效果。特別是超速使用可能發生轉子炸裂的惡性事故，萬萬不可疏忽大意。
　　冷凍離心機所配離心管加入需分離的物質，分別插入離心頭孔中。冷凍離心機是為了進一步研究生物化學、分離大量的物質、清潔冷凍離心機腔體和轉頭，并擦干腔內冷凝水、使用完后要打開門，直至腔內恢復常溫、離心之前要平衡樣品、離心之后要注意消毒和滅菌、必要時預冷轉子，轉頭的維護和存放，注意保護底部的計數環。
　　冷凍離心機運轉時使用制冷，由于空氣的水分，在離心腔內結霜，停機后霜化為水。沒有排水孔，離心腔中水愈積愈多。此時，用戶應自行拆下轉子，清理積水。在重新安裝轉子時，一定要裝好，避免出事故。鋁合金不能受腐蝕：冷凍離心機轉子一般是用鋁合金制造，當受腐蝕后強度降低，容易出事故。鋁合金易受液體腐蝕，清洗后應用吹風機吹干，或倒置一段時間，確認干了才能使用。冷凍離心機有的血站進口冷凍離心機，6個鋁杯里應有的6個塑料托沒有。塑料托中應放血袋，避免直接放在鋁杯里。注意試管有無裂紋。若試管(尤其是反復使用的試管)有裂紋，萬萬不可使用，否則在使用中試管破裂會引起轉子旋轉中失去平衡，可引發斷軸等惡性事故。